root - главный пользователь системы в unix. Имеет идентификатор 0 и практически неограничен в действиях. В ряде Linux дистрибутивов вход в систему под данным пользователем закрыт и основные административные команды выполняются через sudo. Однако, можно задать пароль пользователю root и использовать вход в систему под этим именем.
В системе должен быть только один пользователь с идентификатором 0. Если есть еще - нужно провести проверку системы, т.к. это, скорее всего, указывает на взлом. Данный ход иногда оставляют системные администраторы для решения проблем при увольнении.
Для отслеживания проблем в данном отношении, рекомендуется использовать систему поиска руткитов.
Следует помнить, что пользователь root в системе и он же в различных ПО, как, например, MySQL - это разные пользователи, не имеющие никакого отношения друг к другу.