В 16-17 вв. наиболее интенсивно застраивался посад, расположенный к юго-востоку от кремля: церковь Николы Посадского (конец 17 в.), Никитская церковь (1695, элементы московского барокко), Богоявленская (ранее Зачатьевская, 1680-89), т.н. дом воеводы (конец 17 - начало 18 вв.) и др.
В конце 18 в. Коломна застраивалась по утвержденному в 1784 г. регулярному генеральному плану. К югу от кремля выделяется Вознесенская церковь-ротонда (1792-99, классицизм), Торговые ряды (классицизм, 1-я половина 19 в.) с "встроенной" в них церковью Иоанна Богослова (1756, перестроена при строительстве торговых рядов), церковь Михаила Архангела (конец 18 в., перестроена в 1828-33 арх. Ф.М. Шестаковым). Сохранились многочисленные дворянские и главным образом купеческие особняки конца 18 - начала 19 вв.
Коломна страдала не только от набегов — её опустошали эпидемии (наиболее известная из них — «моровая язва» (чума) относится к 1363), пожары (в 1437 сгорел почти весь город), нападения опричников (1568). Коломна была и местом ссылки. Так в 1434 — в Коломну был сослан Шемяка. Томились в Коломне и непокорные новгородцы. Также в Коломну была сослана Марина Мнишек.
